নেত্রকোণা সদর উপজেলা ২৪^০৪৭’ ও ২৪^০৫৮’ উত্তর অক্ষাংশের মধ্যে এবং ৯০^০৩৮’ ও ৯০^০৫০’ পূর্ব দ্রাঘিমাংশের মধ্যে অবস্থিত। নেত্রকোণা সদর উপজেলার আয়তন ৩৪০.৩৫ বর্গ কিঃমিঃ। এই উপজেলার উত্তরে দুর্গাপুর উপজেলা ও কলমাকান্দা উপজেলা, দক্ষিণে কেন্দুয়া উপজেলা ও গৌরীপুর উপজেলা, পূর্বে বারহাট্টা উপজেলা ও আটপাড়া উপজেলা, পশ্চিমে পূর্বধলা উপজেলা। উপজেলা সদর রাজধানী ঢাকা হতে প্রায় ১৬০ কিঃমিঃ দূরে অবস্থিত।